معظم له در تقسيم‌بندي خود از جايگاه عقل گفت: عقل بر دو قسم است، عقل نظري و عملي و در تعريف عقل نظري بايد گفت آن قوه‌اي است كه درك مي‌كند انسان بايد چيزي را بداند و يا معتقد به آن باشد و در مقابل آن عقل عملي است كه علاوه بر دانايي به چيزي حكم مي‌كند كه بشر بايد به آن عمل كند.
اين مرجع تقليد مباحث مربوط به ادبيات، رياضيات و فلسفه را نمونه‌هايي از قلمرو و محدوده عقل نظري توصيف كرد و افزود: اخلاق، علم سياست، تدبير و رعايت حقوق خانواده نيز در دايره عقل عملي ارزيابي مي‌شوند.
وي با اشاره به اينكه اصل وجود عقل واحد است، گفت: تفاوت اين دو نوع از عقل به اعتبارات آن مربوط است، يعني قدرت فهم دو گونه بوده امام قدرت عقل يكي است.
آيت‌الله سبحاني لازمه صحت در علوم نظري را منتهي شدن به امور بديهي و صحت در علوم عملي را ارجاع آن به قضاياي روشن و حسن و قبح عقلي ذكر كرد و بيان داشت: اشاعره حسن و قبح عقلي را نمي‌پذيرند در حالي كه اماميه بر التزام خود به شرع، حسن و قبح عقلي را نيز حجت مي‌داند. وي در اثبات اين مسئله تاكيد كرد: اينكه خدا ما را به برخي از مفاهيم امر كرده و يا از انجام فحشا و زشتي، نهي مي‌كند، به معناي آن است كه انسان‌ها قبل از فرمان خدا از نيكي و بدي‌هاي خود داراي صورت ذهني هستند.
آيت‌الله سبحاني در آثار مترتب بر حسن و قبح عقلي تاكيد كرد: حكم به راستگويي انسان كه از انبيا الهي است و داراي معجزات است به دليل همين حسن و قبح عقلي است. زيرا عقل نمي‌پذيرد خدا معجزات واقعي را به انسان دروغگو واگذار كند.